Vapaa-ajattelijain liitto pyrkii hallitusohjelmatavoitteillaan parantamaan uskonnon ja omantunnon vapautta. Valtion ja kuntien tulee olla uskontojen ja vakaumusten suhteen neutraaleja ja kohdella kansalaisia yhdenvertaisesti katsomuksista riippumatta, vapaa-ajattelijat toteavat. Liiton edustajat luovuttavat tiistaina esityksensä nykyisille hallituspuolueille.
Vapaa-ajattelijoiden mukaan uskonnon harjoittaminen ei kuulu valtiopäiville, yliopistoille, varuskunnille, kunnille, kouluille eikä päiväkodeille. Julkisissa laitoksissa tulisi liiton mukaan luopua kokonaan virallisluonteisista jumalanpalveluksista ja hartaushetkistä. Liitto myös lakkauttaisi esimerkiksi sotilas- ja vankilapappien virat. Seurakunnat saisivat tarjota palvelujaan niitä haluaville vapaaehtoisille.
Vapaa-ajattelijoiden mukaan kirkkoon ja muihin uskontokuntiin kuulumattomia on Suomessa jo noin miljoona ja heitä kohdellaan monissa yhteyksissä edelleen toisen luokan kansalaisina.
Liiton uudistusesitykset koskevat valtion ja kirkon suhdetta, valtiopäiviä, kirkon verotusoikeutta, lasten rekisteröintiä, vihkimisoikeutta, päivähoitoa, koululaitosta, puolustusvoimia ja yliopistoja. Myös julkisen valan ja vakuutuksen tulisi vapaa-ajattelijoiden mukaan olla uskontojen ja vakaumusten suhteen neutraali.