Kirkon tutkimuskeskuksen historia on saatu kirjoihin ja kansiin. Tuore julkaisu Tutkiva kirkko – Kirkon tutkimuskeskus kirkon tutkimuspolitiikan toteuttajana 1964–2009 valottaa, miten eri tieteenalat, tutkimusmenetelmät ja niistä käyty keskustelu ovat vaikuttaneet tutkimuskeskuksen toimintaan.
– Tutkittavat aiheet ovat liikkuneet kirkon toiminnasta arjen eettisiin kysymyksiin, mutta uskonnolliset liikkeet ja suomalaisten uskonnollisuuden jatkuva havainnointi ovat olleet laitoksen toiminnan keskeinen juonne, kirjan kirjoittanut dosentti Mikko Malkavaara kiteyttää.
Tampereella sijaitseva Kirkon tutkimuskeskuksen tarkoitus on huolehtia, että kirkko saa tarvitsemaansa luotettavaa ja riippumatonta tutkimustietoa ja toisaalta yhteiskunta tietoa kirkosta ja uskonnollisesta elämästä.
Kirkon tutkimuskeskuksen perustettiin kertomaan tuolloin vallalla olleen yhteiskuntatieteellisen tutkimusmallin avulla kirkolle miten maailma muuttuu. Samaan vaiheeseen liittyy myös kirkkososiologian nousu teologisena oppiaineena.
Alkuvaiheessa tutkimusten painopiste oli tilastollinen, jolloin tutkimuskohteina olivat henkilöstö, talous ja hallinto sekä seurakunnan toiminta. Vähitellen se siirtyi ihmisten jokapäiväisen elämän eettisiin kysymyksiin, kuten avioliittoon ja -eroihin, aborttiin, homoseksuaalisuuteen ja lääketieteen etikkaan.
1980-luvulla tutkimuskohteina olivat muun muassa Suomessa toimivat uskonnolliset yhteisöt. Tämä tutkimussuunta syventynyt edelleen. Tietoa on usein kerätty myös jumalanpalveluselämästä ja kirkossakäynnistä. Kirkon tuoreimpiin haasteisiin on seulottu tietoa muun muassa tutkimalla seurakuntien yhdistymisistä, laman vaikutusta sekä vilkastuneesta kirkosta eroamisesta.
Malkavaaran mukaan merkittävin kyseenalaistaminen Kirkon tutkimuskeskukselle tuli varsinkin ensimmäisinä vuosikymmeninä lähinnä kirkon ja yliopiston sisältä toisenlaista tutkimusorientaatiota tahtovilta vaikuttajilta. Silloin tutkimuskeskukselta vaadittiin perinteisemmän teologian, kuten systemaattisen teologian, tutkimista.
Yhteiskunnalle Kirkon tutkimuskeskus on Malkavaaran näkemyksen mukaan ollut halki historiansa luotettava toimija tutkimuksen kentällä.